主要刊登北京大学教师、研究生及海内外校友在基础科学、 技术科学和边缘科学等领域的研究成果及综述性文章。
由北京大学10个理科院、系、所的40名教授组成学报编委会, 负责确立学报的办刊宗旨及审定论文的学术质量。 1954年,北京大学校务委员会通过了《关于出版<北京大学学报>的决定》,在该决定中明确指出创办“学报”的目的,旨在“传播科学研究的成果,交流学术思想,开展学术上的自由论辩以推动科学研究工作”。